MyISAM печально известен этим, особенно в старых версиях. Это также влияет на все остальные движки, все движки используют MyISAM для хранения информации своей таблицы (информационная схема использует MyISAM).
Причина неизвестна, это очень старая ошибка. Вы можете попробовать РЕМОНТ, обходной путь, созданный для этой проблемы.
Удачи!