Вы можете напрямую использовать инструменты ГИС с графическим интерфейсом, так что нет необходимости изменять исходный код GeoTools.
Я использую QGIS, который выполняет все операции (даже больше), чем GeoTools.
Quantum GIS - географическая информационная система с открытым исходным кодом для редактирования, объединения и упрощения карт шейп-файлов. См. Также: создание карт с несколькими слоями с использованием Quantum GIS.