Вы всегда должны раскатывать весь сайт. Поскольку фактически исполняемый код содержится в основном в библиотеках DLL, на самом деле вы не можете только развернуть измененные страницы, как вы могли бы это сделать со старым ASP. Если есть части вашего сайта, которые на самом деле являются отдельными, вы можете разбить их на отдельные проекты и развернуть каждый раздел в отдельности.
Кроме того, если размещение всего сайта вас пугает, возможно, вам нужны более качественные стандарты тестирования или обеспечения качества. Всегда должна быть копия всего вашего сайта, которая может быть запущена в любое время, на случай, если сервер умрет, и вам придется заменить его, или что-то еще пойдет не так.