Вы не указали, какой API вы используете.
В Python это примерно так :
db.delete(modelId)
В Java это должно быть как (я не проверял это):
PersistenceManager pm = PMF.get().getPersistenceManager();
MyModel entity = pm.getObjectById(MyModel.class, modelId);
pm.deletePersistent(entity);
pm.close();