Конечно, вы можете:
Окно> Настройки
Затем найдите Java> Editor> Синтаксис Coloring
Там вы можете установить стиль (полужирный, курсив, цвет, ...) для однострочных, многострочных и javadoc комментариев (а также для всей другой синтаксической разметки).
Редактировать: Извините, я не прочитал вопрос достаточно хорошо, так как вышеприведенное работает только для окраски переднего плана.
Изменение цвета фона в Eclipse в целом уже дано здесь .