Вы можете вручную установить заголовок, отображаемый в оглавлении, следующим образом:
\section[Lorem ipsum]{Lorem ipsum dolor sit amet}
Таким образом, «длинный заголовок» появляется в самом разделе, а «короткий заголовок» появляется в оглавлении. Я не пробовал, но можно было бы использовать такое же количество слов в квадратных скобках, но вставить разрывы строк вручную с помощью \\.