Если вы хотите получить доступ к базе данных напрямую из файла PHP, отдельного от CodeIgniter, вам нужно будет установить соединение с базой данных традиционным способом. например.
$con = mysql_connect("localhost","username","password");
if (!$con) {
die('Could not connect: ' . mysql_error());
}
mysql_select_db("my_db", $con);
mysql_query("INSERT INTO files (filename, size)
VALUES ('my_cv.doc', 35)");
mysql_close($con);