Чтобы узнать, какой Matlab запускается по умолчанию, введите path в оболочке (открывается с помощью Run-> cmd). Первый выбирается, если вы набираете Matlab.
Из вывода path вы также найдете, где находятся ваши версии Matlab. Если вы не хотите каждый раз переходить к соответствующей папке, вы можете сделать псевдонимы консоли для разных версий.
EDIT
Если вы хотите решить проблему в очень общем смысле, я вижу два возможных пути:
(1) Проверьте реестр на предмет наличия в Matlab чего-то определенного для версии, привязанного к пути (или спросите TheMathWorks).
(2) Разобрать путь для \ bin \ 64 (или \ bin \ 32, если это 32-битная система) и проверить, содержит ли эти папки файл с именем matlab. В рамках процедуры установки (если версии Matlab находятся не в заводских местоположениях по умолчанию), запустите каждый Matlab и запустите ver, чтобы определить, какая это версия.