Карием на правильном пути, но позвольте мне попытаться уточнить.
Предположим, что у вас есть стандартная конфигурация JPA, в которой нет ничего специфичного для Hibernate, кроме jar-файлов Hibernate на пути к классам. Если вы работаете в режиме начальной загрузки J2SE, у вас уже есть некоторый код, который выглядит примерно так, либо в Java, либо в конфигурации Spring и т. Д.
Map<String, Object> props = getJPAProperties();
EntityManagerFactory emf =
Persistence.createEntityManagerFactory("persistence-unit-name", props);
Чтобы запустить SchemaUpdate, просто используйте это вместо:
Map<String, Object> props = getJPAProperties();
Ejb3Configuration conf =
new Ejb3Configuration().configure("persistence-unit-name", props);
new SchemaUpdate(conf.getHibernateConfiguration()).execute(true, false);
Я не уверен, как это будет работать в контейнерной среде, но в простой конфигурации типа J2SE или Spring это все, что нужно.