Самый простой способ - использовать Leiningen .Вы можете создать очень простой файл project.clj для вашего проекта с помощью: main, указывающего на пространство имен вашего основного файла, а затем вы можете выполнить 'lein uberjar' в командной строке, и он поместит все ваши зависимости в один исполняемый файл jar.
Я укажу, что каждый файл, который должен быть скомпилирован, должен иметь пространство имен с включенным: gen-class.Например:
(ns whatever.main
(:gen-class))