Вам нужно установить прозрачность фона на самом элементе управления хоста, а не только в загружаемых файлах xaml. Если вы используете тег объекта, вы бы сделали что-то вроде:
<object data="data:application/x-silverlight-2," type="application/x-silverlight-2" width="100%" height="100%">
<param name="source" value="[your xap file]"/>
<param name="background" value="transparent" />
....
</object>
Поскольку фактический хост-элемент silverlight имеет цвет фона, если вы не установите его в качестве прозрачного, он по умолчанию будет белым, что заменит ваш фон независимо от того, прозрачен ли ваш холст.