Вы можете ожидать меньший исполняемый файл с использованием FILE *, поскольку его поддерживающие библиотеки проще, чем ifstream, но другие факторы (потребление памяти во время выполнения и производительность) редко имеют существенное значение. Но небольшое усиление будет в основном по отношению к FILE *, опять же, просто потому, что это проще.
Если обработка, которую вы выполняете с файлом, очень проста и / или вам не нужно разбирать текстовый файл ввода, FILE * подойдет вам хорошо. С другой стороны, если верно обратное, я бы пошел на ifstream - я считаю, что оператор >> намного удобнее и безопаснее, чем использование fscanf.