Какая платформа? Я предполагаю, что из "crontab" вы работаете в Linux, и в этом случае вы можете запустить ffmpeg, используя nice . То есть вместо:
ffmpeg (опции)
Пробег:
nice -n 20 ffmpeg (параметры)
Это будет запускать ffmpeg с наименьшим возможным приоритетом, что означает, что любая другая обработка (например, веб-страницы) будет запланирована раньше, чем ffmpeg. Он по-прежнему будет работать на «100%», но он никогда не отнимет время у задач с более высоким приоритетом, чего вы и хотите.