Типы данных Sqlite не содержат типов, поэтому ваши запросы должны работать:
у меня все следующие запросы работают
REPLACE INTO data(id,ts,value) VALUES ('1','1234567890','12.1');
REPLACE INTO data(id,ts,value) VALUES ('1','1234567890','12,123')
REPLACE INTO data(id,ts,value) VALUES ('1','1234567890','abc');
Проверьте вашу переменную PHP, возможно, у вас ошибка и вы передаете пустую переменную.