Я не знаю, является ли это правильным способом, но следующий код, кажется, работает.
50 пикселей сверху и по центру:
.dialog( {....
position : [ null, 50 ],
....
Полагаю, что [ноль, ноль] будет также центрироваться вертикально.
Но, читая документы, «центр» должен работать, и это должно быть по умолчанию.