Вы должны логически подумать о том, что содержится в каждом наборе данных, и спроектировать свои индексы по предмету или другим критериям (таким как география, подразделение и т. Д.). Как правило, ваша индексная архитектура похожа на то, как вы работаете с базами данных (вы, вероятно, не объедините учет с базой данных персонала, например, даже если это технически возможно).
Как указывал @llama, создание единого uber-индекса влияет на оценки релевантности, проблемы безопасности / доступа, помимо прочего, и вызывает целый ряд новых головных болей.
В итоге: подумайте о структуре логического разделения в зависимости от потребностей вашего бизнеса. Было бы трудно объяснить без дальнейшего фона.