LinqToLucene и NHibernate.Search несовместимы. Они оба выполняют функцию обеспечения возможности индексации и поиска на основе сущностей. Они завершены сами по себе.
Приятной особенностью NHibernate.Search является интеграция с NHibernate для поддержки индекса. Однако, если вы используете NHibernate и LinqToLucene, вы все равно можете добиться большей части той же интеграции, что и NHibernate.Search, внедрив собственные события NHibernate.
Хороший пример реализации события здесь:
http://nhforge.org/wikis/howtonh/creating-an-audit-log-using-nhibernate-events.aspx
Таким образом, чтобы создать свое собственное, вы просто создадите событие post-insert, post-update и post-delete и сделаете свои ответные действия LinqToLucene здесь.