Серверный скрипт вызывается, как только пользователь нажимает кнопку загрузки. С этого момента ваш серверный скрипт связывается с файловой системой сервера через веб-сервер (apache, ...). Обычно, пока передача не завершена, переданные данные помещаются во временный файл, хранящийся в специально выделенной папке. Когда передача завершена (как указано в данных http, отправленных браузером пользователя), файл становится доступным для вашего серверного сценария для дальнейшей обработки. Если передача прервана, на сервере происходит своего рода процесс сбора мусора, который исключает незавершенные файлы, чтобы поддерживать систему в чистоте.
Это общее описание процесса загрузки: оно будет зависеть от конкретных технологий хостинговой системы.