Если вы внимательно прочитаете страницу виртуализации реестра, вы заметите, что виртуализация не ограничивается 64-битной Windows. В нем только говорится, что только 32-битные процессы будут виртуализированы. Но виртуализация осуществляется как в 32-, так и в 64-битной Vista и более поздних версиях. Так что название вопроса и тег x64 немного вводят в заблуждение.
Чтобы ответить на ваш вопрос, эта же страница гласит:
«Виртуализация реестра отключена для следующих действий: ... Процессы, которые запросилиExecutionLevel, указанный в их манифестах.»
Таким образом, вы можете отключить виртуализацию, добавив файл манифеста в ваш исполняемый файл, который определяет уровень его выполнения. Существует по крайней мере статья Microsoft KB о том, как это сделать в Visual Studio 2005: http://support.microsoft.com/kb/944276.