Я бы предложил поместить условие на страницу aspx, которая загружает пользовательский элемент управления.
Поэтому, если вы вызываете LoadControl, вы должны окружить его условием сделать его доступным или иным образом.
Вы также можете добавить свойство, скажем, IsVisible, в пользовательский контроль и установить видимость, как предлагали другие.