Как уже упоминалось, потоки не будут очищены, пока они не будут остановлены. Они являются корневыми объектами для GC, поэтому вам не нужно хранить ссылки на них. Ваше приложение не закроется, пока не завершатся все потоки.
Существует одно исключение из этого правила. Если вы пометите поток как демон, это не помешает вашему приложению завершиться, а если нет запущенных потоков, не являющихся демонами, он будет очищен автоматически.
См. javadoc для темы для получения дополнительной информации.