Вы можете создать собственный MembershipProvider для работы с собственной системой аутентификации. Вы должны реализовать кучу методов. Вот пример
public class DreemMembershipProvider : MembershipProvider
{
...
public override MembershipUser CreateUser(string username, string password, string email, string passwordQuestion, string passwordAnswer, bool isApproved, object providerUserKey, out MembershipCreateStatus status)
{
//your code to insert a user in the db.
}
public override bool ValidateUser(string username, string password)
{
//your code to check the user and pass against your db
}
...
}
наконец, вы должны настроить свое приложение на использование поставщика членства -> в файле web.config