Нет, установщик .NET 4.0 будет устанавливать только версию 4. Он будет запускать приложения, ориентированные на CLR версии 2 (например, приложения 3.5), если не установлена другая версия платформы. Конечно, вы должны протестировать этот сценарий, чтобы убедиться, что изменения версии 4 не имеют неожиданных побочных эффектов. Сделайте это, создав или отредактировав файл .exe.config для своего приложения:
<configuration>
<startup>
<supportedRuntime version="v4.0.30319"/>
</startup>
</configuration>
Обратите внимание, что при этом нельзя использовать отладчик VS2008.