Только примитивные элементы управления, которые непосредственно должны рисовать в контексте устройства, например Border или TextBlock переопределяют OnRender, чтобы выполнять свою работу. Поскольку большинство элементов управления являются просто комбинацией этих примитивов, они не рисуют напрямую. Вместо этого они измеряют и упорядочивают своих детей, чтобы они были в хорошем положении и размере.
Вам нужно переопределить методы MeasureOverride и ArrangeOverride.
При этом, если вы не хотите ничего визуализировать, лучше установить Visibility элемента управления на Collapsed.