Да и да (прокрун). Tomcat как Windows-сервис для меня немного вуду, но вот как я изменил параметры.
Откройте regedit и перейдите к
HKEY_LOCAL_MACHINE> ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ> Apache Software Foundation> Procrun 2.0> Tomcat [x]> Параметры> Java
Там вы увидите Настройки. Это, вероятно, технически JAVA_OPTS, но они все равно будут переданы Tomcat.