Если вы действительно хотите скрыть свой код, вам нужно создать собственный интерпретатор python, который использует разные коды операций (в байт-коде python). Тогда на сервере есть только ваши взломанные двоичные файлы и pyc, которые нетривиально декодировать. Вы можете добавить шифрование или, по крайней мере, подписать свой код, чтобы ваш двоичный файл было не так легко исследовать.
Другая возможность - никогда не хранить свой код на диске, а только хранить его в оперативной памяти. Вы можете запустить серверный процесс через, например, execnet.