Способ, которым CDT управляет путями сборки, заключается в просмотре XML-файла .cdtbuild в базе вашего каталога проектов (это может быть другое имя в Windows ... не уверен)
В этом вы должны увидеть что-то вроде
<option id="gnu.c.compiler.option.include.paths....>
<listoptionValue builtIn="false" value=""${workspace_loc:/some/path}$quot;" />
<listOptionValue ... />
...
</option>
здесь находятся все пути сборки, которые вы настраиваете в графическом интерфейсе. Должно быть довольно легко добавить все каталоги к нему, используя простой Perl-скрипт для обхода проекта и генерации всех записей listOptionValue.
Это явно не идеальный метод. Но мне интересно, с какой системы сборки вы переходите, если она основана на make, вы должны иметь возможность получить затмение для использования ваших файлов make.