Нет, это не безопасно. Только если у вас есть полная резервная копия (недавно) базы данных, чтобы восстановить в случае возникновения проблемы.
Могут быть некоторые блокировки, и в результате вы получите заблокированные таблицы, что может повредить ключи.
Как совет, если вы добавляете новые столбцы для такой большой базы данных. Это проще
- для создания подражателя схемы таблицы
- запустить alter для этой таблицы, пока она пуста,
- заполнить оригинал вставкой в ... () выбрать поля из ....
Это намного быстрее. Затем, очевидно, переименуйте таблицу в оригинал.