Спецификация вашей серверной ОС была бы неплохой.
Я могу порекомендовать AviSynth . Это приложение для нелинейного редактирования видео, запускаемое из командной строки / скрипта. Довольно сложный процесс обучения, но если вы освоите его, он может сделать для вас все, что угодно (в отношении аудио и видео ;-)).
К сожалению, на данный момент у них большие проблемы с сайтом. Вы можете найти информацию об этом на
http://avisynth.org/mediawiki/Main_Page
и есть несколько статей на doom9.org.
Существует также старый добрый ffmepg , который доступен для некоторых ОС и может выполнять некоторые действия через командную строку (не такой мощный, как AvySynth, но достаточно для простого мультиплексирования.
Также VirtualDub может быть в сценарии. Я никогда не использовал его без графического интерфейса, но должен делать то же самое.
Последний, но не менее важный gstreamer , очень мощный, трудно взломать.
Полагаю, вы думаете, это всего лишь простой муксинг, и вскоре вы поймете, что вам нужно гораздо больше для ваших целей :-). Синхронность A \ V может быстро стать проблемой здесь.
Для систем linux также взгляните на mencoder (тесно связанный с mplayer). Доступна версия командной строки. Как сказал один умный парень: швейцарский армейский нож для A \ V-вещи.