Я не знаю ничего существующего, которое будет различать MIDI-файлы, и что именно это означает, может варьироваться в зависимости от того, что вы хотите различать, но я, вероятно, начну с чего-то вроде NAudio http://www.codeplex.com/naudio и напишу библиотека для сравнения любых аспектов файла MIDI, которые мне было интересно сравнивать.