Чтобы получить scrollTop кросс-браузерным способом, jQuery делает это:
function GetScrollTop()
{
var doc = document.documentElement
var body = document.body;
return ((doc && doc.scrollTop) || (body && body.scrollTop || 0)) - (doc.clientTop || 0);
}
Лично я использую это просто:
return document.documentElement.scrollTop || document.body.scrollTop