хотя это официально не поддерживается, как говорит Гийом Хуста, мне удалось сделать трюк, чтобы обойти это ограничение. Вместо того, чтобы просто сказать:
<param name="sequence">MYSEQ</param>
Вы можете заметить, что генератор добавляет кавычки (") только в начале и в конце, так что вы можете сделать нечто подобное, как в SQL-инъекции, вам нужен только другой параметр аннотации jpa, который заканчивает кавычку, даже если она не используется на самом деле, например параметр "схема"
<param name="sequence">MYSEQ", allocationSize = 1, schema="MYSCHEME</param>