Не очень распространенные конфигурации, о которых я знаю.
Пользователи NoScript и пользователи, которые более широко отключают JavaScript, вероятно, являются вашей самой большой группой.
Еще несколько крупных компаний-параноиков могут отключить JavaScript по умолчанию в IE с помощью групповой политики, но это не распространено (и в меньшей степени так).
Некоторые из более новых продуктов для обеспечения безопасности (в том числе более интеллектуальные веб-прокси и настольные AV-продукты) будут пытаться глубже проверять передаваемый по ним контент, в том числе пытаться найти злобу в JavaScript; если вы расстроите один из них, он может потерпеть неудачу странным образом. Но опять же, должно быть хорошо в подавляющем большинстве случаев.