Создайте файл сценария startup.m, содержащий команды для установки желаемого состояния. Далее из MATLAB выполните команду
>> userpath
Это даст вам список из одного или нескольких пользовательских каталогов (в зависимости от того, какую ОС вы используете); Поместите файл startup.m в любой из этих каталогов, и он будет найден при каждом запуске MATLAB (также можно найти файл startup.m, если он находится в каталоге, из которого запускается MATLAB, но описанный выше метод позволяет запускать MATLAB с произвольной каталог и все еще есть start.m запускается).