Вы можете использовать настройки (в свойствах проекта) для сохранения значений, определенных пользователем и приложением. Значения USER могут быть изменены и сохранены пользователем во время выполнения и сохранены в каталоге пользовательских приложений (user.config) в системе, тогда как значения APPLICATION хранятся в файле OUTPUTFILE.CONFIG в каталоге приложения.
Вы можете зашифровать эти значения USER перед сохранением и расшифровать после загрузки. Доступны следующие значения: Properties.Settings.Default.SETTINGNAME
Кроме того, если вы хотите самостоятельно читать и писать, вы можете проверить класс EncryptedXml.