В текущем doxygen (я использую 1.8.11), вы также можете изменить нижний колонтитул, команда @synthesizerpatel больше не будет работать. Теперь вы должны сказать
doxygen -w latex header.tex footer.tex doxygen.sty
Вы можете использовать измененные файлы, установив эти переменные в Doxyfile
LATEX_HEADER = header.tex
LATEX_FOOTER = footer.tex