Выше используются лямбда-выражения, а не LINQ. Попробуйте:
var query = from m in db.TDP_Missioni
where m.TDP_MissioniDestinazioni.Any(md => md.Visible)
select m;
Или чтобы исправить лямбда-запрос, прежде всего вам нужно использовать что-то вроде:
db.TDP_Missioni.Include("TDP_MissioniDestinazioni").
Where(p => p.TDP_MissioniDestinazioni.Any(d => d.Visible));
TDP_MissioniDestinazioni по отношению к таблице TDP_Missioni является коллекцией (основанной на взаимосвязи), поэтому вам нужно перебирать каждую запись, которая может получить доступ к свойству visible
каждого MissionDay.