Вы создали библиотеку служб WCF или службу Windows, в которую затем добавили класс службы WCF и скаффолд?
Если так, то это объяснит.
Параметр «Опубликовать» отображается только для веб-проектов в VS - так что это либо веб-сайт, либо проект веб-приложения. Кроме того, файлы .svc требуются только для служб, размещенных в Asp.Net, поскольку расширение файла (перед любыми правилами перезаписи) необходимо для «активации» узла службы.
Создание нового приложения для веб-сайта.
Добавьте новую службу WCF (которая также должна добавить .svc), а затем обновите фиктивные интерфейсы и класс-заглушку с помощью кода вашей службы.