При использовании VSS я обычно заставляю каждого разработчика использовать локальную копию решения, которая не хранится в системе контроля версий.
Недостатком является то, что вы должны создавать новое решение с нуля (или использовать шаблон от кого-то другого) для каждого разработчика, который входит в совет, но он действительно решает проблему, с которой вы сталкиваетесь.