вы можете мариновать вашу матрицу:
>> import numpy
>> import pickle
>> b=numpy.matrix('1 2; 3 4')
>> f=open('test','w')
>> pickle.dump(b, f)
>> f.close()
>> f2 = open('test', 'r')
>> s = pickle.load(f2)
>> f2.close()
>> s
matrix([[1, 2],
[3, 4]])
Ответ Тамаса намного лучше, чем этот: у объектов-матриц есть прямой метод их засолки.
В любом случае учтите, что библиотека pickle является общим инструментом для сохранения объектов Python, включая классы.