MySQL LOAD DATA INFILE сродни BULK INSERT в MS SQL, и это даст вам лучшую производительность.
Вы можете объединить свой текстовый файл во время циклического перемещения по ячейкам Excel, но для повышения производительности попробуйте экспортировать файл из Excel за один раз - я не уверен, как вам нужно будет уточнить файл экспорта (разделители, и др.)
EDIT:
Или, если у вас недостаточно времени для попытки сделать что-то подобное, по крайней мере, передайте столько строк VALUES в одну инструкцию INSERT, сколько сможете:
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
(также с сайта MySQL.)
Я не знаю, превышает ли 5000 теоретический предел - возможно? - так что просто соберите, может быть, 100 вставок на оператор и затем выполните его.
В любом случае, подход с одной вставкой на команду - это то, что вам стоит.