Звучит как утечка файлового дескриптора, все в порядке - безвреден для очень коротких процессов (например, make) в UNIX, но является правильным PITA в Windows.
Поскольку это, как утверждается, ошибка в make, в отличие от проблемы с ее использованием, ее следует сначала устранить, проверив, что она все еще существует, если она собрана из исходного кода в самой последней версии upstream, а затем путем подачи сообщение об ошибке в проекте GNU make (или у любого дистрибьютора, с которым у вас есть соответствующий контракт на поддержку) или в поиске источника и попытке исправить его самостоятельно.
Не мешало бы попытаться воспроизвести в Linux - проверка на утечки файлового дескриптора здесь намного проще, так как можно просто посмотреть на /proc/self/fd
(или, для потомка make, /proc/$PPID/fd
) для вещей это не принадлежит.