Я ищу реализацию предпочтительно на Java алгоритма для нахождения Минимально эквивалентного графа орграфа (http://portal.acm.org/citation.cfm?id=321526.321534).
Еще лучше было бы реализовать «Приближение минимального эквивалентного орграфа» http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=3634076 (требуется членство в ACM, извините) альтернативная ссылка http://www.cs.umd.edu/~samir/grant/kry94b.ps (постскриптум)
Вы пытались взглянуть на библиотеки алгоритмов java графа, например JGraphIT ?