Извините за публикацию вопроса. Мы смогли обновить проект, используя метод ниже.
Нам пришлось скопировать файл upgrade.exe на КПК.
System.Diagnostics.Process p = System.Diagnostics.Process.Start(
@"\Program Files\client\upgrade.exe"
, @"/s ""\Program Files\client\database.sdf"" /sp ""password"" /d ""\Program Files\client\convertedDB.sdf"" /dp ""password"" /e /q");
Надеюсь, кто-то найдет это полезным.