Полагаю, это зависит от потребностей вашего бизнеса, но в целом я фанат модульности. Наша модель разделена между несколькими сайтами, поэтому она находится в своей собственной DLL, а контроллеры и т. Д. Для каждого сайта обычно находятся в другом (для каждого сайта), а также в дополнительных дополнениях.
Компиляция в одну DLL, вероятно, даст вам повышение производительности, но вам будет больно, когда речь заходит об обновлении отдельных модулей.