Ваш скрипт создания таблицы не подходит для стратегии генератора гибернации, которую вы сейчас используете. Как я уже сказал, ваш первичный ключ должен быть определен как автоинкремент:
CREATE TABLE COURSES (
COURSE_ID int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
COURSE_NAME varchar(20) DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (COURSE_ID)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;
Вы должны позволить SchemaExport генерировать ваш DDL для вас, это, как правило, предотвращает такие ошибки;)