При сравнении этих двух подходов, я бы оценил вашу общую производительность между ними. Предполагая, что у вас есть возможность продолжить или / или, я обнаружил, что логистическая работа с Metro и AXIS2 выше, чем WCF.
Учитывая, что оба они по сути являются точками доступа, любая сложность системы, скрытая за кулисами с точки зрения совместимости, является ключевым моментом принятия решения. Несмотря на то, что мы живем в мире неограниченных возможностей взаимодействия, я предпочитаю использовать стеки, в которых согласованность может привести к повышению производительности и производительности.
Что касается открытого исходного кода, то, хотя на стороне Java больше объема, чем на .Net, я также обнаружил, что больше этих проектов создано для поддержки функциональности, отсутствующей в платформе веб-службы Java (RESTlet, для пример.)
Выход из Windows / IIS, безусловно, является вариантом с Java / Metro / AXIS2, тогда как с WCF вы застряли с этим как с внешним сервером. Я лично обнаружил, что обе конфигурации (слишком) тяжелы, поэтому ни одна из них не принесла мне в этом никакого преимущества. Тем не менее, альтернативные хосты для комбинации Java, безусловно, возможны, так что они могут иметь большую ценность в определенных ситуациях.
В целом, обе платформы (в совокупности) будут иметь сценарии, в которых они более выгодны, чем другие. То, где эти сценарии применяются в вашей среде, - это то, что я считаю наиболее уместным.