Вы должны профилировать свою заявку и посмотреть, что занимает больше всего времени. Методы AddXXX
из Fluent NHibernate сканируют сборки на предмет ClassMaps, но даже после того, как это произошло, сам NHibernate может потратить значительное количество времени на создание фабрики сеансов. Убедитесь, что именно сканирование сборки вызывает у вас проблемы, а не сам NHibernate.
Если это действительно сканирование сборки, то использование Add
обойдет это.