У меня есть программа, которая сохраняет уникальные изображения, связанные с уникальными полями базы данных, в базу данных в виде двоичных полей или сохраняет в папки в виде файлов изображений?
Это зависит от того, что вам нужно делать с изображениями, как часто вы обращаетесь к ним и как часто они меняются.
На этот вопрос нет правильного ответа - это действительно зависит от того, чего вы пытаетесь достичь.
Я бы предпочел использовать отдельное хранилище ключей / значений, если оно доступно. Это может быть организовано вашим собственным или что-то вроде Amazon S3. Если нет, лучше сохраните изображения в виде файлов и организуйте метаданные и информацию о пути в своей базе данных.