Кроме того, что фреймворки построены вокруг MVC, здесь не так много общего. (то есть у них обоих есть папки для моделей / контроллеров / представлений, и они автоматически связывают вас по соглашениям об именах)
CodeIgniter - самая базовая из возможных реализаций MVC, которая обеспечивает невероятную гибкость при создании приложения.
ASP.NET MVC имеет много встроенного и строго типизировано. LINQ to SQL предоставляет встроенный ORM, а базовые шаблоны MVC имеют платформы для аутентификации, построенные с использованием модели поставщика членства ASP.NET.
Представления в MVC также типизированы, поэтому вы должны определить модель, передаваемую в представление, в отличие от CI, в которой вы можете передавать все что угодно.
Вспомогательные классы также совершенно разные.
ASP.MVC построен на ASP.NET, поэтому многие вещи могут показаться похожими с веб-формами, но вам необходимо понять шаблон MVC. Посмотрите учебник по NerdDinner для фантастического введения в ASP.MVC. (это книга Врокса, которую они теперь бесплатно раздают в сети)
http://www.asp.net/mvc/learn/